La constitución de 1823 estableció que los límites del Perú se establecerían una vez definido el destino del Alto Perú (Bolivia). En el país, la convicción mayoritaria era que el Alto y el Bajo Pajo Perú debían preservar su integridad territorial, La independencia de Bolivia el 6 de agosto de 1825 resolvió es parte este dilema, pues luego de la independencia las tendencias dentro del Perú y Bolivia siguieron bregando por la reintegración territorial y política. Solo la derrota militar de la Confederación Peruano-Boliviana, liquido definitivamente este proyecto histórico.

En 1826, el Gral. Antonio José de Sucre, factor decisivo en el nacimiento de la nueva República, se apresuró a promover bajo el influjo de Bolívar la federación entre ambas naciones y un tratado de límites, por el cual el Perú cedía a Bolivia el Puerto de Arica y la provincia de Tacna. Como compensación desigual el Perú recibía la provincia de Apolobamba y la entrega de 5.000.000 de pesos. El tratado de Federación establecía la formación de una liga federada entre ambas naciones que se denominaría Federación Boliviana, con Simón Bolívar com Jefe Supremo vitalicio.

Los tratados fueron suscritos en Chuquisaca el 15 de noviembre de 1826 por el Plenopotenciario peruano Ignacio Ortiz de Zevallos y por Bolivia el Ministro de Relaciones Exteriores Facundo Infante y el Vocal de la Corte Suprema de Justicia Manuel María Urcullu. Esta idea fue compartida por José Faustino Sánchez Carrión, quien bajo el influjo bolivariano se dirigió al Congreso solicitando la aprobación del tratado.

El Consejo de Gobierno del Perú decidió no ratificar los tratados por considerar que las «estipulaciones sobre límites son exclusivamente ventajosas para Bolivia» y porque la Federación no contemplaba los intereses nacionales y la entidad histórica del Estado peruano. El Consejo de Gobierno matizó diplomáticamente su rechazo a la Federación haciendo llegar al Libertador su buena voluntad para negociar en el futuro una «verdadera Federación compuesta no solo del Perú y Bolivia, sino también de Colombia, bajo la Presidencia Vitalicia de Libertador».

El ILADIR publica el texto del tratado que instituía la Federación Boliviana, contenido en el Tomo Segundo de la Colección de los Tratados de Ricardo Aranda, (Lima, imprenta del Estado, 1890) y el documento original del Tratado de límites entre la República del Perú y la República de Bolivia (Archivo de Límites del Ministerio de Relaciones Exteriores). Estos documentos adquieren especial relevancia que que demuestra los primeros pasos hacia el establecimiento de delimitaciones fronterizas entre naciones independientes en América Latina y la compleja relación del Perú y Bolivia en las primeras décadas de la independencia, en torno a su integridad como sociedades, Estado y nación.